В рамках международных программ по контролю инфекционных заболеваний РНПЦ эпидемиологии и микробиологии сотрудничает с международными центрами и организациями, на базе РНПЦ эпидемиологии и микробиологии функционирует 8 национальных референс-центров и референс-лабораторий и 1 региональная лаборатория ВОЗ.
Осуществляется сотрудничество в области биобезопасности на глобальном и региональном уровне.
Специалисты РНПЦ эпидемиологии и микробиологии регулярно участвуют в научных форумах (конференции, семинары, совещания, стажировки), проводимых в ближнем и дальнем зарубежье.
Участие в международных выставках, проводимых в Республике Беларусь и за рубежом – постоянное направление международной деятельности РНПЦ эпидемиологии и микробиологии.
Информационные материалы РНПЦ эпидемиологии и микробиологии ежегодно размещаются в каталоге Белорусской торгово-промышленной палаты, распространяемом во всех зарубежных торговых представительствах Республики Беларусь. Реклама размещена также в каталоге «Экспорт Беларуси» РУП «Национальный центр маркетинга и конъюнктуры цен» (НЦМиКЦ), распространяемый на Национальных выставках республики за рубежом.
Международное сотрудничество РНПЦ эпидемиологии и микробиологии осуществляется и по другим направлениям в рамках деятельности Таможенного Союза, Союзного государства, Евразийского экономического союза и СНГ. Всего РНПЦ эпидемиологии и микробиологии осуществляет сотрудничество с более чем 30 странами ближнего и дальнего зарубежья.