23-27 сентября заведующий лабораторией диагностики ВИЧ и сопутствующих инфекций Гасич Е.Л. и младший научный сотрудник Булда К.Ю. прошли стажировку в г. Санкт-Петербурге по вопросам геномного надзора за циркулирующими вариантами вируса SARS-CoV-2 на базе ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева».

При прохождении стажировки сотрудники ознакомились с возможностями использования, принципами работы и практического использования нового оборудования, имеющегося в лаборатории молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева», для проведения молекулярно-генетических исследований: автоматический экстрактор нуклеиновых кислот KingFisher (Thermo Fisher Scientific, США), Auto-Pure 96 (Allsheng, КНР), амплификаторы с детекцией в режиме «реального времени», позволяющие исследовать 384 образца CFX384 Touch Real-Time (Bio-Rad,США), QuantStudio™ 5 (Applied Biosystems, США), средства оценки качества полученных продуктов амплификации: Qubit fluorometer (Thermo Fisher Scientific, США) и Qiagen QIAxcel (Qiagen, Германия), высокопроизводительных секвенаторов MiSeq и NextSeq 500 (Illumina, США), DNBSEQ400 производства MGI, КНР, а также секвенаторы основанные на нанопоровом секвенировании GridIon и MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Inc., Великобритания).

На протяжении пяти дней проводился тренинг, включающий этапы регистрации материала, экстракции РНК вируса SARS-CoV-2 из биологических образцов и пробоподготовки образцов для амплификации с использованием разных протоколов и наборов реагентов. Выполнялась подготовка библиотек для секвенирования с использованием приборов нового поколения и их качественной оценки, анализ результатов полногеномной амплификации, методы секвенирования вирусных геномов и бактериальных, методы обработки данных секвенирования нового поколения, методы сборки и выравнивания консенсусных последовательностей, определение генетических линий с использованием on-line ресурсов.

Получены новые знания и навыки работы в области исследований с применением приборов и методик для секвенирования нового поколения. Получены навыки по геномной сборке с использованием новых скриптов возбудителей разных инфекционных заболеваний, которые планируется использовать для дальнейшей работы в лаборатории.